1960년대 초 '쉬나드 이쿼먼트라는 작은 공장으로 마운틴 클라이머들이 쓰는 피톤(piton) 등을 만드는 것에서 사업을 시작했다. 그런데 이후 자신들이 만든 혹은 다른 업체에서 만든 피톤이 자신이 좋아하는 관광지 겸 클라이밍 장소에 무참히 박혀있는 상태로 훼손되어 있는 걸 보고 피톤 생산을 급격히 줄이며 친환경 운동을 시작하게 되었다고 한다. 기업의 이름은 인간이 손을 별로 타지 않아서 자연경관이 아름답고 자연 보존이 잘되어 있는 남아메리카 최남단 파타고니아를 모티브로 한 것.
의류 회사이면서도 환경을 위해 옷을 사지 말라는 광고가 유명한데, 물론 아예 사지 말라는 게 아니고 '슬로우 패션'으로 튼튼하고 오래 입는 옷을 만들어 버려지는 옷을 최소화하자는 철학을 가지고 있다고 한다. 처음엔 위선적인 마케팅으로 의심했던 사람도 파타고니아 한국 지사장처럼 막상 같이 일해보니 대외적으로 내세우는 원칙들이 철저히 지켜지는 것을 보고 감명받았을 정도라고 한다.
연 매출의 1%을 '자연세'라는 명목으로 지구를 위해 사용하며, 환경단체의 시위를 국가를 가리지 않고 적극 후원하기도 한다. 2020년 미국 대선에도 참여를 독려했는데, ‘빌어먹을 놈들 떨어뜨려라(Vote the Assholes out)’라고 쓰여진 태그가 붙은 하프 팬츠를 한정 판매하는 등 기후변화를 부정하거나 무시하는 정치인들의 낙선을 호소하기도 했다. 덕분에 환경주의자들에게도 꽤 우호적인 평을 듣는 의류 기업이다. 심지어 유행 때문에 파타고니아의 옷을 사서는 안 된다는 캠페인까지 한다.
이 회사에서 만드는 플리스가 유명한데, 아웃도어 제품 중 처음으로 플리스를 대중화시킨 일종의 오리지널 브랜드다. 플리스는 합성섬유를 마치 양털처럼 곱슬곱슬하게 표면을 가공해 보온성이 좋은 원단으로 만든 아웃도어 외투나 조끼(vest)를 말한다. 북미 직장인들 사이에서 캐주얼 유행이 불때 이 회사 플리스 조끼등을 많이 입어서 지금은 월가 금융인과 IT 업계 직원의 상징 비스무리한 패션 아이템 중 하나가 되어 이런 직중 직장인 들의 일종의 제복이나 부족 상징(tribal symbol) 으로 여겨지기도 한다. 그래서 이런 금융이나 IT 쪽 화이트 칼라 사무직을 "Patagonia vested worker" 라고 부르기도 한다. 2022년 후반기 부터 시작된 미국의 월스트리트나 빅테크 들의 불황에서 집중적인 감원의 대상으로 떠오르고 있기도 하다.
국내는 종류가 비교적 적어서 직구를 많이 이용하는데, 공홈의 경우 잘 막힌다. 그래서 보통 아울렛 사이트를 통해 구매한다. 대표적으로 레이와 에보가 있다.
